Η Αγία Βαρβάρα βρισκόταν στο προάστιο των Κήπων και είχε θεμελιωθεί από τον ιερωμένο Κωνσταντίνο Κρόκο στις αρχές του 18ου αι. Κοντά της υπήρχε μοναστήρι που δόθηκε το 1744 από τον ιερωμένο Μαρίνο Κρόκο ως άσυλο ενάρετων γυναικών αφιερωμένων στον μοναχισμό. Η Αγία Βαρβάρα λατρεύεται στη Ζάκυνθο ως προστάτρια κατά της ευλογιάς, Όταν το 1795 η νόσος αυτή μάστιζε το νησί, η Βενετσιάνικη Γερουσία επέτρεψε με διάταγμά της (26 Μαρτίου 1795), να γίνεται στην πόλη λιτανεία της εικόνας της. Η εκκλησία περιείχε αξιόλογα ξυλόγλυπτα, φορητές εικόνες και αργυρόγλυπτα διαφόρων εποχών και τεχνοτροπιών. Αξιομνημόνευτη η ωραία δεσποτική εικόνα του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου, έργο Αποστόλου Κρεζία. Επίσης η μεγάλη εικόνα της Θεοτόκου σε θρόνο, έργο αγνώστου του 18ου αι., που σήνερα βρίσκεται στο Αρχιεπισκοπικό μέγαρο Ζακύνθου. Η καθέδρα της Αγίας Βαρβάρας είναι έργο του Σπύρου Ιω. Τορτορέλη. Το 1893 η εκκλησία καταστράφηκε από τους σεισμούς, αργότερα ανακαινίσθηκε λαμπρότερη μέχρι τον Αύγουστο του 1953, που καταστράφηκε.