Οι σεισμοί, οι συχνές πειρατικές επιδρομές και οι ισχυρές πιέσεις που ασκήθηκαν από τους Φράγκους κατακτητές είναι οι λόγοι για τους οποίους σπανίζουν τα παλιότερα του 15ου αι. μνημεία στη Ζάκυνθο. Από την παλαιοχριστιανική περίοδο έχουν εντοπιστεί τα ίχνη μίας μόνο παλαιοχριστιανικής βασιλικής στο Μελινάδο και από τη βυζαντινή σώζονται, αλλά μισοερειπωμένοι, οι ναοί του Σωτήρα στο Κάστρο, 12ου – 13ου αι., του Αγίου Νικολάου Μεγαλομάτη στο Σκοπό και του Αγίου Νικολάου στο Λαγοπόδο, 11ου αι .
Αντίθετα σώζονται πολλά μνημεία από την περίοδο της Ενετοκρατίας. Οι Ενετοί, κυρίαρχοι για τρεις αιώνες στη Ζάκυνθο (1485-1797), είχαν παραχωρήσει θρησκευτικά δικαιώματα στους ορθόδοξους κατοίκους της Ζακύνθου και μία ουσιαστική ανεξιθρησκεία, γεγονός που σε συνδυασμό με τη μακρά ειρηνική περίοδο επέτρεψαν την οικοδόμηση πλήθους ναών και μοναστηριών στο νησί. Είναι χαρακτηριστικό ότι ήταν τέτοιος ο ρυθμός ανέγερσης ορθόδοξων εκκλησιών, που το 1795 με διαταγή του Γενικού Προβλεπτή απαγορεύτηκε η ίδρυση νέων ναών, χωρίς την άδεια της Κυβέρνησης. Στο πλήθος των ναών συνηγορούσε και η ίδρυση και συντήρηση ενός ναού από κάθε συντεχνία καθώς και η ύπαρξη πολλών ιδιωτικών. Ναοί ιδρύονταν επίσης για λύτρωση από επιδημίες, που δε ήταν σπάνιο φαινόμενο εκείνον τον καιρό .
Οι εκκλησίες της Ζακύνθου είχαν διακοσμηθεί με εξαιρετικής τέχνης έργα, που έφερναν μαζί τους ή και φιλοτεχνούσαν στο νησί σπουδαίοι καλλιτέχνες της εποχής, πρόσφυγες από τουρκοκρατούμενες περιοχές της Ελλάδας και κυρίως την Κρήτη, οι οποίοι έγιναν δάσκαλοι για τους ντόπιους που συνέχισαν την παράδοση. Στην προσεισμική πόλη της Ζακύνθου υπήρχαν πάνω από εκατό εκκλησίες. Σήμερα δεν ξεπερνούν τις είκοσι. Σώθηκε από το σεισμό μόνο η εκκλησία του Αγίου Διονυσίου που είχε κατασκευαστεί στα τέλη της δεκαετίας του ’30, σε σχέδια Αναστασίου Ορλάνδου. Αναστηλώθηκαν τα χρόνια μετά το σεισμό μόνο τρεις, η περίφημη Φανερωμένη, η Κυρία των Αγγέλων και ο Άγιος Νικόλαος του Μώλου .
Το θρησκευτικό αίσθημα των Ζακυνθινών εκφράστηκε και με την ίδρυση σημαντικού αριθμού μονών. Αξιοσημείωτη η σταυροπηγιακή βασιλική μονή των Στροφάδων, του 13ου αι, το Καστρομονάστηρο, χτισμένο πάνω στη νήσο Σταμφάνη, με τείχος 25μ. και αφιερωμένο στην Παναγία την «των πάντων χαρά» και στον Άγιο Διονύσιο. Σήμερα διατηρούνται, ολόκληρες ή μισοερειπωμένες, η μονή του Αγ. Ιωάννου του Προδρόμου στο Καταστάρι, του Άη-Γιώργη των Γκρεμνών στις Βολίμες, της Αναφωνήτριας στο ομώνυμο χωριό, της Σπηλιώτισσας στις Ορθονιές, της Σκοπιώτισσας στην κορυφή του βουνού Σκοπός και της Υπεραγάθου κοντά στον Κοιλιωμένο.
Μετά το 1953 ανοικοδομήθηκε στην πόλη η μονή του Αγ. Διονυσίου.
Η επίσκεψη σ’ αυτές θεωρείται επιβαλλόμενη γιατί μαγεύουν χωμένες μέσα στα αγριολούλουδα της Ζακυνθινής φύσης.